SMK Negeri 3 Banjarbaru berdiri pada tahun 2004 berdasarkan Surat Keputusan Walikota Banjarbaru No. 60 A tahun 2004, tanggal 29 Juli 2004. Pada awalnya berdiri sekolah ini hanya memiliki 2 program keahlian, yaitu Tata Kecantikan dan Tata Busana. Angkatan pertama adalah siswa yang mulai diterima pada Tahun Pelajaran 2004/2005, dengan jumlah 2 kelas yaitu Kelas X TK (Tata Kecantikan) dan Kelas X TB (Tata Busana) dengan jumlah siswa masing-masing 20 orang. Sehingga total siswa angkatan pertama berjumlah 40 orang, yang semuanya berjenis kelamin perempuan.
Pada awal berdiri, SMK Negeri 3 Banjarbaru merintis dengan 2 Program Keahlian, yaitu Tata Kecantikan dan Tata Busana pada Tahun Pelajaran 2004/2005. Kemudian pada Tahun pelajaran 2005/2006, dibuka satu program keahlian yaitu Rekayasa Perangkat Lunak (RPL). Bertambahnya program keahlian menjadikan jumlah siswa menjadi bertambah banyak, terutama adanya siswa laki-laki. Pada Tahun Pelajaran 2007/2008, dibuka lagi satu program keahlian yaitu Usaha Jasa Pariwisata (UJP), kemudian dengan melihat prospek dunia usaha/dunia industri lokal yang semakin membaik, maka pada Tahun Pelajaran 2009/2010 dibuka 2 program keahlian yaitu Akuntansi dan Akomodasi Perhotelan. Pada tahun 2015, dibuka program keahlian Analis Kimia. Dengan melihat perkembangan industri sebagai mitra kerja yg lebih luas, maka tahun 2016 berubah menjadi Kimia Industri.
Sejak berdiri sampai sekarang, baru 3 orang yang secara definitif ditugaskan sebagai Kepala SMK Negeri 3 Banjarbaru. Mereka adalah Bapak Drs. Abdul Salam, MM (2004 – 2008), Bapak Rosehan Anwar, M.M.Pd (2008 – 2016), dan Bapak Drs. Parjiono, M.Pd (2016 – sekarang)